新疆維吾爾自治區煙草專賣局、新疆維吾爾自治區煙草公司成立于1986年。下轄烏魯木齊市、昌吉回族自治州、博爾塔拉蒙古自治州、伊犁哈薩克自治州、克拉瑪依市、塔城地區、阿勒泰地區、吐魯番市、哈密市、巴音郭楞蒙古自治州、阿克蘇地區、喀什地區、和田地區煙草公司13個全資子公司，以及新疆煙草進出口有限責任公司1個專業子公司。機關內設12個職能處室、4個專業部門。全區從業人員2567人。截至2022年底，總資產106.25億元，其中，固定資產6.55億元、流動資產95.89億元，資產負債率20.45%。
　　新疆維吾爾自治區煙草專賣局、新疆維吾爾自治區煙草公司在國家局、總公司的統一領導下，主要職責是保證國家局、總公司宏觀決策、宏觀調控各項任務落實到位，維護“統一領導、垂直管理、專賣專營”的煙草專賣體制，并代表總公司對所屬企業的國有資產行使出資人權利，經營和管理國有資產，承擔保值增值責任。